Der Aufsichtsrat der Hegau-Jugendwerk GmbH besteht aus sechs Mitgliedern, von denen zwei Mitglieder vom Gesellschafter Hegau-Bodensee-Klinikum GmbH (51 % Geschäftsanteil), zwei Mitglieder vom Gesellschafters Neurologisches Rehabilitationszentrum Jugendwerk Gailingen e. V. (49 % Geschäftsanteil) und zwei auf Vorschlag des für das Hegau-Jugendwerk zuständigen Betriebsrats von der Gesellschafterversammlung bestellt werden.
Der aktuelle Aufsichtsrat:
| Vorsitzender | Claus Moldenhauer |
| Stellvertr. Vorsitzender | Rüdiger Herrmann |
| Weitere Mitglieder Arbeitnehmervertreter | Oberbürgermeister Bernd Häusler, Hans-Peter Lehmann Thomas Welte, Jörg Hermann |
Der Aufsichtsrat überwacht und unterstützt die Geschäftsführung bei der Erfüllung ihrer Aufgaben. In der Regel tagt er vier Mal im Jahr, bei Bedarf jedoch auch öfter.
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